故事舞台是在機動戰士鋼彈中的一年戰爭終結後七年。 戰爭結束後一部份吉翁公國軍事勢力並未降伏繼續在各地與地球聯邦軍發生軍事衝突，因此地球聯邦軍內部形成了強力主張追殺吉翁殘餘份子的激進排他勢力－迪坦斯（Titans）。 由於迪坦斯對宇宙住民的強硬血腥鎮壓的手段，逼使反對勢力幽谷誕生。 故事的開始於宇宙世紀0087年（U.C. 0087），前半段主要圍繞於幽谷和迪坦斯兩派系的對抗，中段吉翁殘餘份子阿克西斯登場，與幽谷、迪坦斯角力週旋，展開三方激戰。