講述前作《破》最後階段所描述的「近第三次衝擊」14年之後的世界，全片幾乎以碇真嗣的視角呈現。
US作戰
葛城美里率領部分前NERV成員組成反NERV組織「WILLE」，對NERV的EVA進行殲滅行動。WILLE所屬EVA改2號機（駕駛員：式波·明日香·蘭格雷）和8號機（駕駛員：真希波·真理·伊拉絲多莉亞斯）在衛星軌道上對被NERV封印的初號機進行奪回作戰「US作戰」。
改2號機受到自動防衛系統「Mk.04A」的攻擊，在8號機的援護射擊下進行突破。接著遭到與初號機收容在一起的「Mk.04B」的阻擊而面臨墜入大氣層燒毀的危險，明日香向真嗣求救，暫時覺醒的初號機將Mk.04B消滅，2號機和初號機一同返回地球，作戰成功。
AAA Wunder
在WILLE的戰艦「AAA Wunder」上醒來的真嗣，於14年之後重遇葛城美里和明日香等WILLE成員。眾人認為真嗣是引起「近第三次衝擊」的元兇而冷待他，並警告他不得再駕駛EVA，更強行要他佩戴能致死的項圈「DSS Choker」，以免他駕駛EVA時因自身感情引發EVA覺醒而失控。眾人又告訴真嗣14年前綾波零並未獲救。
Wunder遭「涅墨西斯系列」四台機體的襲擊，擁有「弒神之力」的Wunder炮擊並消滅對方。之後NERV所屬的EVA Mark.09前來襲擊Wunder，真嗣誤認Mark.09為零號機，並聽出駕駛員為綾波零的聲音，隨後無視葛城美里的警告而同Mark.09一道前往NERV。8號機出擊阻截Mark.09失敗，但葛城美里始終沒有啟動「DSS Choker」，讓Mark.09帶著真嗣離開了啟動範圍。
NERV總部
地表之上的第3新東京市早已消失，回到被摧毀的NERV總部的真嗣，接到碇源堂命令，要與渚薰一起駕駛EVA第13號機。
真嗣在得知綾波零依然活著，並在鋼琴二重奏中與渚薰熟稔後逐漸重新振作。但真嗣稍後從薰得知自己在14年前引發「近第三次衝擊」，導致地球生命滅絕，之後再從冬月副司令口中得知初號機核心是母親唯之靈魂寄宿其中，而唯之基因數據被保存起來製作成複製人綾波零系列，當年認識的綾波零被吸收到初號機之中，而且一切都是碇源堂之計劃，真嗣對於未能真正救出零，面對眼前全無記憶及情感之另一位零更感到絕望。
第13號機完成後，絕望之真嗣本來拒絕行動。渚薰為真嗣拆除DSS項圈，把它戴到自己的脖子上並說「當第13號機手持朗基努斯與卡西烏斯兩把槍，就能讓世界重新來過」，再次給予真嗣希望，成功說服真嗣一同駕駛第13號機。
中央大垂直溝最深處
第13號機同綾波零駕駛的Mark.09一起抵達了中央大垂直溝最深處，薰看到Lilith上的EVA Mark.06被兩把朗基努斯長槍貫穿驚覺有異，陷入一陣思考。此時明日香的改2號機和真希波的8號機來襲，薰無暇解釋而只能勸阻真嗣拔出槍，但一心希望重獲眾人認同的真嗣強行切斷薰對EVA的控制權並拔出了兩把槍。之後，第2使徒Lilith的屍骸崩解，潛藏在Mark.06體內的第12使徒再度活動，並在Mark.09將Mark.06的頭斬落時，以黑色帶狀形態纏繞第13號機。結果第13號機覺醒，使全身布滿核心的第12使徒迅速縮小並將之吞噬。吞下使徒的第13號機進入疑似神化形態3+(推測)並飛上空中打算發動第四次衝擊。
第四次衝擊
真嗣驚愕地目睹第四次衝擊開始並再次摧毀地表。葛城美里率領Wunder攻擊第13號機以制止衝擊，但碇源堂命複製綾波零利用Wunder原主人Mark.09（Adams的容器）趁機搶奪Wunder控制權。明日香透過「代號777」將改2號機獸化與Mark.09交戰，並把Mark.09的頭擰斷後無法殲滅而使其再生；雙方駕駛員強行射出插入栓，改2號機最終自爆將Mark.09殲滅。
在第13號機內，薰安慰自責的真嗣，告知他會阻止第四次衝擊，先用兩枝槍刺穿第13號機的核心，接著讓DSS項圈爆炸，然而直至真希波強行拔出真嗣的插入栓才完全停止。
真希波和8號機隨同「AAA Wunder」離開。逃出改2號機的明日香在地上廢墟找到真嗣的插入栓，發現他再度失去鬥志，只得把他拽出艙外。此時，從Mark.09逃出的複製綾波零出現，於是三人一起走向遠方等待救援，Q的劇情完結。
