時值P.D.（Post Disaster）323年。三百年前，地球發生了名為「厄祭戰爭」的大戰。大戰結束後，地球圈捨棄了過去的統治方式，以新的支配體系，構築了全新的世界。但就在遙遠的火星圈裏，那些從屬於地球圈的殖民地上，開始了來自民眾的不滿與躁動。火星都市克里斯上的人，希望從地球勢力統治下經濟獨立。身為獨立派領袖的庫德莉雅·藍那·伯恩斯坦，成為地球勢力一方的眼中釘。地球勢力一方派遣「末日號角」前去火星，企圖暗殺或控制庫德莉雅。「末日號角」是個以戰力凌人的武裝組織，負責摘除任何叛亂、危害地球圈利益的可能因子。 主角三日月·奧古斯，是一間獨立自治區的民營保全公司「克里斯護衛保全」（簡稱：CGS）三號隊的成員。CGS收留窮苦無依的孤兒編入三號隊，並強行施予「阿賴耶識植入手術」方便駕馭機動工兵。在內部管理上，三號隊作為CGS的後備部隊比起正規部隊，即使擁有駕駛技術不凡的隊員三日月、昭弘、尤金等人，仍受到相當大差別的待遇。在一次CGS特別承攬的護衛庫德莉雅的任務中，三日月和同伴遭受末日號角襲擊。CGS的主力企圖利用三號隊作為誘餌，挾同庫德莉雅與主力偷偷撤退。三號隊領袖歐格·伊茲卡，領導著被視為棄卒的三號隊，對以庫德莉雅為目的襲來的末日號角進行負隅頑抗。 他請求情如兄弟的三日月，協助對抗末日號角。就在此時，三日月啟動了以往在厄祭戰爭中使用過，而目前作為CGS能源爐的機動戰士－「獵魔鋼彈」。該機體長期以來藏在基地地底，當成電力來源，無人知曉它所蘊藏的力量。最終，三日月依賴「阿賴耶識」首次駕駛獵魔鋼彈便出色地擊退來襲的末日號角。隨著末日號角的撤退，CGS原主力部隊歸還，三號隊少年與一號隊成人長年以來的對立矛盾即將爆發。就此，故事揭開序幕……