故事發生在宇宙巴比倫建國戰爭後10年（U.C.0133年），一場暗潮洶湧的戰爭即將爆發。
來自地球圈的交換留學生「托比亞」，在木星圈遭遇宇宙海盜「金凱杜」駕駛的海盜鋼彈X1襲擊。在混亂之中，托比亞意外發現了企圖進攻地球、掀起戰爭的木星帝國。而金凱杜等宇宙海盜的真正身分，則是宇宙巴比倫王女「貝拉·羅納」重組的私兵「骷髏尖兵」，他們的目標是打倒木星帝國總統「格拉克斯·德卡契」，阻止其野心。托比亞加入骷髏尖兵後，組織一度成功發動斬首行動，但最終仍讓德卡契帶領滿載木星軍的船團朝地球圈出發。追擊途中，骷髏尖兵遭遇內部貴族派的背叛，並被木星軍裡應外合襲擊，托比亞則在戰敗後被俘虜，送上刑場。
托比亞成功逃出木星帝國，並與骷髏尖兵母艦會合。然而，當他們趕回地球圈時，木星軍已經以「木星親善大使團」的名義滲透地球政商圈，反觀身分為海盜的骷髏尖兵只能潛伏於暗處伺機行動。然而，在一次行動中，原本假意提供補給的貴族派背叛了骷髏尖兵，導致他們被地球聯邦軍與木星軍聯手圍剿。儘管托比亞成功從補給中奪得最新的海盜鋼彈X3，但依然無法挽回戰局，最終骷髏尖兵母艦自爆，金凱杜連人帶機墜入大氣層後MIA，骷髏尖兵成員則以偽裝成母艦碎片的逃生艙迫降地球，各自分散。
落難於地球山區的托比亞，過了一段隱居生活，然而電視新聞傳來德卡契對地球露出獠牙的消息——木星帝國開始襲擊聯邦軍的發射基地，甚至無視《南極條約》使用核彈。聯邦軍因失去運補能力而無法集結戰力，面對位於衛星軌道上、宣布48小時後將核化地球的木星軍束手無策。另一方面，原本被認為已經戰死的金凱杜，竟靠著前所未有的光束盾技術強行突入大氣層，死裡逃生。在他的號召下，骷髏尖兵殘黨於地球再度集結，襲擊聯邦軍的火箭保管基地，並使用傳統火箭搭配光束盾發射MS，從木星帝國母艦下方發動奇襲。
骷髏尖兵的作戰成功重創木星帝國母艦，但隨著母艦崩潰，多台搭載核彈的大型MA從殘骸中現身，令戰況再度惡化。就在眾人應對核彈MA之際，德卡契駕駛最後一台MA，偽裝成母艦殘骸悄然降落地球，企圖親手引爆核彈，徹底毀滅大地。然而，托比亞識破了他的計謀，及時趕上，並犧牲海盜鋼彈X3擊毀了MA。在熊熊燃燒的駕駛艙中，看著地球燃燒幻影的德卡契，最終被趕來的金凱杜一鞭斃命，這場戰爭也就此落幕。
戰後，金凱杜將海盜鋼彈X1託付給托比亞，並與貝拉隱居地球，而托比亞與夥伴們則返回宇宙，繼續他們的冒險。
