故事講述發生在宇宙巴比倫建國戰爭後10年（U.C.0133年），一場已經在蠢蠢欲動的戰爭。
來自地球圈的交換留學生托比亞，在即將抵達留學目的地木星圈時，竟遇上了宇宙海盜襲擊，並目睹了傳說中海盜的機動戰士，「鋼彈」。 危急之際，托比亞擅自駕駛機動戰士迎戰鋼彈，在機體即將被破壞時，海盜卻示意要自己逃生。驚訝於海盜不殺人的托比亞逃往附近船艦，意外發現到這艘木星前往地球的運輸船內竟裝滿了毒氣。在即將被木星特務滅口的危機下，鋼彈再次出現並救了托比亞。面對滿懷疑惑的托比亞，鋼彈的駕駛員打開了面罩，報出了自己的名號『十字先鋒－金凱杜·那烏』……