創聖記0011年，地球發生了一場大異變。南極的冰層溶解，原本在1萬2千年前被毀滅的亞特蘭迪亞浮現，長著羽翼的民族墜天翅族蘇醒。墜天翅族擁有超過人類的高度智能與特殊力量。1萬2千年前他們在亞特蘭迪亞建立起高度的文明，對他們稱為無翼者的人類肆意捕殺。然而人類也沒有放棄反擊的機會，自海底遺跡挖掘出在「創聖之書」中，傳說的兵器——3架古文明的戰鬥機Vector Machine，藉由不同的組合的變形、合體。Vector Machine可化成不同形態的人形兵器機械天使。當時墜天翅族最強的守護天翅阿波羅尼亞斯，便是與人類靠著機械天使的力量，將原本優勢佔盡的墜天翅族逼進滅亡的深淵，為了與墜天翅族對抗，新聯合國設立了地球再生機構—DEAVA，負責運用機械天使。因此，一群擁有特殊能力的少男少女被召集起來，訓練成為機械天使的駕駛員。