創聖紀0011年,地球發生了一場劇烈的異變——南極冰層融化,原本在1萬2千年前毀滅的亞特蘭提斯隨之浮現,而沉睡已久的墜天翅族也因此甦醒。
墜天翅族擁有遠超人類的智慧與特殊能力,早在1萬2千年前,他們就在亞特蘭提斯建立起高度發達的文明,並視人類——他們所稱的「無翼者」——為低等生物,肆意捕殺與奴役。然而,人類並未選擇坐以待斃,在海底遺跡中挖掘出了傳說中的古文明兵器——三架Vector Machine戰鬥機,這些戰機能夠透過不同組合與變形,合體成強大的人形兵器——機械天使「亞庫艾里翁」。
當時,墜天翅族最強的守護天翅——阿波羅尼亞斯,選擇站在人類一方,與人類並肩作戰,憑藉亞庫艾里翁的力量,將曾經占盡優勢的墜天翅族逼入滅亡的深淵。
為了對抗墜天翅族,新聯合國成立了地球再生機構DEAVA,專門負責運用亞庫艾里翁迎戰敵人。於是,一群擁有特殊能力的少男少女被召集起來,接受嚴格訓練,成為亞庫艾里翁的正式駕駛員,準備迎接即將到來的戰爭。