自從黑色叛亂過去一年，日本的「黑色騎士團」成員被捕，ZERO被宣告已被處決。魯魯修·蘭佩洛基與弟弟羅洛·蘭佩洛基過著平靜的學生生活，但在賭博國際象棋時來到巴別塔，遭到黑色騎士團殘黨的襲擊，與C.C.（C.C.）重逢，並回想起自己是零的身份。魯魯修在神根島被朱雀拘捕，記憶被皇帝查爾斯·齊·布里塔尼亞的Geass篡改，遺忘了娜娜莉和Geass的記憶，與假冒的弟弟羅洛生活在一起。
魯魯修恢復記憶後以ZERO的身份復活，從中華聯邦總領事館宣佈建立「合眾國日本」，並再次宣佈推翻不列顛尼亞，救出被囚禁的黑色騎士團成員。朱雀被任命為皇帝直屬部隊「圓桌騎士團」的成員並重新入學，娜娜莉則作為第11區新總督來到日本，重新呼籲設立「行政特區日本」。零和黑色騎士團流亡至中華聯邦，與武官黎星刻合作平定國內的政局不穩，並殲滅了由V.V.（V.V.）領導的Geass嚮團。
ZERO和黑色騎士團與各國聯手成立「超合集國」，並根據決議進入「第二次東京決戰」。然而，朱雀發射的大規模破壞武器「弗蕾雅」使東京租界陷入毀滅狀態。不列顛尼亞第二皇子施奈澤爾向黑色騎士團提出休戰並透露ZERO的真實身份和Geass的秘密，導致魯魯修被彈劾失勢。在羅洛的犧牲下，魯魯修僅僅得以逃脫。
隨後，魯魯修獨自前往思考電梯與查爾斯決一勝負，並與已故的母親瑪莉安娜重逢。查爾斯和瑪莉安娜試圖實施改造世界的「諾倫的連接」計劃，但魯魯修對集合無意識施加Geass，消滅了兩人。
一個月後，魯魯修帶著朱雀現身不列顛尼亞，對皇族和貴族施加Geass，宣佈自己即位為皇帝，任命朱雀為「零之騎士」。經過與施奈澤爾率領的不列顛尼亞帝國殘黨軍及黑色騎士團的激戰後，魯魯修成為統治世界的獨裁者。
兩個月後，在日本舉行的魯魯修遊行中，「ZERO」現身並刺殺了魯魯修。這是魯魯修集中了世界的憎恨，由朱雀假扮成的ZERO將其殺死的計劃——「零之鎮魂曲」。人們為獨裁者的死感到歡欣，世界也迎來了和平。
