故事背景
2000年9月13日，南極大陸發生了一場毀滅性的大爆炸，導致冰川融化、地軸偏移、海平面上升，並引發全球氣候異常。接踵而至的戰爭進一步加劇災難，最終導致世界人口減半。隨著大規模衝突逐漸平息，各國軍隊整合為**「國聯」軍隊**，這場災難被稱為「第二次衝擊」。官方聲稱其成因是「大質量隕石撞擊南極」，但事實上，這是秘密組織SEELE為了在其他使徒覺醒前，強行將第一使徒——亞當還原為卵所導致的結果，而SEELE則憑藉自身的龐大影響力隱瞞了真相。
透過對《死海文書》的研究，SEELE事先掌握了關於使徒的預言，並採取一系列應對措施。使徒擁有強大的A.T.力場（絕對領域），普通武器無法對其造成有效傷害。為了阻止使徒毀滅人類，科學機構Gehirn開發了泛用人型決戰兵器——Evangelion（EVA），並建立第3新東京市作為要塞都市與總部。後來，Gehirn改組為NERV，並推行「人類補完計劃」。
劇情概要
2015年，距離第二次衝擊已過去十五年，14歲的碇真嗣受父親碇源堂的召喚，來到未來都市第3新東京市。碇源堂是特殊準軍事組織NERV的司令，而此時使徒已再度出現。當真嗣抵達時，他親眼目睹軍隊與使徒交戰，但人類的常規武器對使徒毫無作用。
NERV開發的巨型人形兵器EVA被認為是唯一能夠對抗使徒的武器。駕駛EVA需要與機體進行神經同步，但真嗣缺乏訓練，因此在首次出擊時很快就被擊倒。然而，在關鍵時刻，EVA初號機突然失控暴走，狂暴地將使徒擊敗。戰鬥結束後，真嗣因傷住院，隨後被安排與葛城美里同住，並在第3新東京市開始適應新的生活。
在接下來的戰鬥中，真嗣在情緒激動的情況下違反命令，獨自摧毀了一個使徒，導致他內心產生動搖，甚至試圖逃離NERV。然而，最終在美里的勸說下，他選擇留下來繼續擔任EVA駕駛員。同時，之前因事故受損的EVA零號機完成修復，而其駕駛員——神秘的綾波零，則逐漸與真嗣產生聯繫。在一次作戰行動中，真嗣和綾波聯手執行「屋島作戰」，成功擊敗另一個使徒，但綾波在戰鬥中受傷，而真嗣也險些喪命。
隨著戰鬥持續，NERV的首席科學家赤木律子向真嗣透露，所謂的第二次衝擊並非因隕石撞擊引發，而是第一使徒亞當在南極爆炸所造成的。此後，EVA二號機的駕駛員——14歲的惣流·明日香·蘭格雷來到第3新東京市，與真嗣、美里同住。真嗣與明日香聯手擊敗一個會分裂的使徒，兩人漸漸建立起亦敵亦友的微妙關係。
然而，使徒的攻勢愈發猛烈。真嗣的同學鈴原冬二被選為EVA三號機的駕駛員，但在同步測試時，機體遭到使徒寄生並完全失控。真嗣不願攻擊朋友，因此被迫讓NERV啟動遠端操控系統，導致EVA初號機失去真嗣的控制，並在暴走狀態下殘忍地撕裂三號機，最終壓碎了載有冬二的插入栓，導致冬二死亡。這次事件讓真嗣精神崩潰，一度決定放棄駕駛EVA，但最終因新的使徒出現而被迫重返戰場。
此後，使徒發動更可怕的攻擊。在一次戰鬥中，明日香遭受使徒的心理攻擊，導致精神徹底崩潰，無法再駕駛EVA。為了拯救真嗣，綾波零啟動了零號機的自毀系統，與使徒同歸於盡。但當真嗣趕到醫院時，卻發現綾波仍然活著，而她自稱是「第三個零」，令真嗣困惑不已。美里開始調查NERV的黑暗面，最終迫使律子透露真相：EVA的核心技術來自零的無數複製體，而NERV地下深處還藏有EVA的墓地。
隨著明日香陷入昏迷，來自SEELE的神秘少年渚薰取代她成為EVA二號機的駕駛員。真嗣與薰迅速成為朋友，然而，他最終得知薰其實是最後的使徒。在戰鬥中，薰來到NERV地下，親眼見到封印在那裡的莉莉斯，意識到自己被人類欺騙，若要讓人類繼續生存，他就必須選擇死亡。最後，他將生死的決定權交給真嗣，而真嗣在痛苦掙扎後，最終親手殺死了薰。
這一行為成為「人類補完計劃」的導火索。該計劃旨在讓所有人類的靈魂合而為一，消除個體間的隔閡與痛苦。在計劃進行過程中，真嗣的內心被徹底剖析，他的靈魂開始經歷一場深刻的自我探索與救贖。最終，當所有人的心靈融合時，真嗣突破了內心的桎梏，理解了個體存在的意義，進而摧毀了由自身恐懼與消極情感所築起的心理屏障。在結局中，真嗣微笑著向大家表達感謝，而其他人則為他鼓掌……
