西元2312年，天上人與聯合國軍在2308年進行大決戰的四年後。人類已建立地球聯邦政府。為了追求更進一步的國家間之統合，以及人類意識的統一，該政府在地球聯邦正規軍之外，設立獨立治安維持部隊「A-Laws」，目的為對所有危害地球聯邦的勢力與主義、思想等，進行非人道的壓迫，對象包括反地球聯邦的國家、純源（Katharon）反抗組織，以及再次出現的天上人。 為了遵守與露意絲·哈利維的約定，朝著成為太空工程師之路前進的沙慈·克洛斯羅德，也身不由己地，捲進了地球聯邦政府的變革中。 另一方面，在四年前的最終決戰中，存活下來的剎那·F·塞耶，默默注視著因為受天上人影響而變革的世界，所產生出來的變化。打倒監視者亞歷漢卓·科納後，他夢想著世界從此變得和平，再沒有任何紛爭。可是，他所看到的卻是一個由「A-Laws」所製造出來的、扭曲的和平，世界維持在「歪斜」的狀態。於是他決定與能夠改變世界的力量——「鋼彈」再次一同戰鬥。 再次開始變化的世界中，剎那與沙慈的未來將朝向何方？