為了對抗「薩·布姆軍（ザ・ブーム軍）」，來自距離地球3萬光年之外、位於太陽系正對面的「謝瑪星系（シェーマ星系）」——「拉多里奧星（ラドリオ星）」的羅米娜公主（ロミナ姫），帶領「艾爾尚克（エルシャンク）」的成員來到地球，尋找傳說中的戰士——「忍者」。
然而，在火星上與喬（ジョウ）等三人相遇後，並讓他們加入隊伍的決定，引發了 伊爾博拉·薩羅（イルボラ・サロ）的強烈反對，最終，他選擇離開艾爾尚克，轉而投靠薩·布姆軍。
為了對抗薩·布姆軍的強大兵器，艾爾尚克配備了三台專精不同環境作戰的人型機器人：擅長陸戰的「黑獅子」、發揮空戰優勢的「鳳雷鷹」以及精通水戰的「爆龍（爆竜）」。
這三台機體的駕駛員分別為喬、雷尼（レニー）和麥克（マイク）。
每當這三台機體陷入危機時，神秘的忍者機器人「飛影（飛影）」便會現身，並與它們合體，分別變形為魔獸形態：「獸魔黑獅子（獣魔黒獅子）」、「空魔鳳雷鷹（空魔鳳雷鷹）」和「海魔爆龍（海魔爆竜）」，從而擊潰薩·布姆軍的部隊。
然而，除了來自外部的薩·布姆軍與伊爾博拉之外，來自內部的敵人——地球方面的「火星開拓基地代表」哈扎德·帕夏（ハザード・パシャ），也因自己被流放到火星的怨恨與野心，頻頻策劃陰謀，對艾爾尚克一行窮追不捨，使他們陷入「前門有虎、後門有狼」的險境。
在來自內外敵人的重重圍困下，艾爾尚克一行人四處尋找傳說中「忍者」的線索。
究竟喬、雷尼與麥克三人，是否就是傳說中的「忍者」呢？
