皇暦2017年，自日本被神聖不列顛帝國佔領，成為屬地「第11區」七年過去。在此期間，一位戴著面具的神秘男子「Zero」現身，舉起了對不列顛帝國統治的反叛旗幟。然而，由Zero領導的「黑之騎士團」發起的「黑色解放」行動（第一次東京決戰）以Zero的神秘失踪告終，成為一場失敗。
這一事件可能對超級大國不列顛帝國產生巨大的影響，不僅影響到日本，還波及到世界各地。敵對的大國，如中華聯邦和歐洲聯盟，當然包括受支配的國家，都爆發了以反對不列顛帝國為目標的恐怖活動，反抗情緒不斷高漲。
與世界各地的恐怖分子和像京都這樣的恐怖主義支持組織聯繫在一起，恐怖分子派遣組織「和平之印」引發了恐怖活動。持有改裝人的Geass力量的年輕人奧菲斯·茲馮，也以「白炎」為愛機，全力參與世界各地的恐怖活動。
面對這些反叛的迹象，不列顛帝國決定以壓倒性的軍事力量進行徹底鎮壓。不列顛帝國第88位皇女瑪麗貝爾·梅爾·不列顛尼亞組成了以紅色為象徵色的反恐怖分子遊擊機甲部隊「格林達騎士團」，並擔任該騎士團長。以卡爾雷昂級懸浮空艦「格蘭貝利」為旗艦，以名義上的王牌飛行員身份，她領導一群新手騎士，格林達騎士團部署了大量實驗性階段的KMF，以鎮壓世界各地的恐怖主義。
在致力實現幼年時的約定的少女愛德琳·茲馮，作為首席騎士，駕駛著由卡美洛特賜予的專用KMF「蘭斯洛特·聖杯」，果敢地面對恐怖分子。
在這樣混亂的局勢中，中東的一個小國，名字相同且都擁有「OZ」名稱的一對男女──愛德琳和奧菲斯相遇。在這兩位少年之間的交鋒之前，一位戴著面具的男子巫師以黑色的KMF「阿格拉維恩」出現，迫使他們退讓。在由Zero製造的混亂中，這兩個OZ都在迷失的道路上前進。