故事講述在遙遠的未來，人類為了生存，不斷地與怪異的生命體「黑迪亞斯」（ヒディアーズ）對抗。在一場戰鬥中，人類銀河同盟少尉萊德和他的人形兵器「捷霸 」（チェインバー）被吞入不明的時空。當他從人工冬眠中醒過來時，他發現自己連同機體被打撈至一個古舊地方——加爾岡緹亞之內。更進一步，他發現身處的是早已被人類遺忘的起始之星——地球。如今這個行星被一望無際的海水圍繞著，人們亦只能住在巨大的艦船，靠著打撈古文明遺留在深海中的物品生存。由於缺乏行星歷史、文化以至語言方面的知識，他被逼於海中的城市加爾岡緹亞滯留著，與對其充滿興趣的艾咪一同生活……