在一個地球人的殖民星索羅星上，發現了「第六文明人」的外星人留下的遺跡。同一時間，外星人巴夫克蘭人為了研究他們傳說中的伊甸（イデ）之力，而來到這個殖民星上。因為雙方的誤解下，巴夫克蘭人向殖民星上地球人開戰，而主角尤基・柯斯摩駕駛機器人伊甸王（イデオン）和巴夫克蘭人戰鬥。基於持續的誤解，仇恨和希望得到無限能源伊甸之力的原因，故事就因此發展下去。
