地球人在殖民星索羅星上發現了「第六文明人」遺留下來的神秘外星遺跡。與此同時，外星種族「巴夫克蘭人」為了尋找他們傳說中的「伊甸之力」（イデ），來到了這顆殖民星。由於雙方的誤會，最終演變成巴夫克蘭人對地球殖民者的全面開戰，故事就此展開。
在這場衝突中，主角尤基·柯斯摩駕駛巨大機械神「伊甸王」（イデオン）與巴夫克蘭人戰鬥。然而，戰爭並未停歇，伊甸之力的無限能源更成為各方爭奪的關鍵。
為了逃避巴夫克蘭大軍的猛烈攻擊，柯斯摩與其他生還者試圖返回地球尋求庇護，但地球聯邦政府卻拒絕接受他們。無奈之下，他們只能收集補給，開始一場沒有歸途的宇宙逃亡，不斷尋找能夠安身的星球。
隨著故事發展，柯斯摩與他的夥伴們逐漸發現伊甸王擁有無限的能量，不僅能夠發動毀滅性的武器，例如伊甸王神劍、伊甸王神槍等，甚至還能直接殲滅巴夫克蘭大軍團。然而，隨著柯斯摩與夥伴們不斷使用伊甸之力，這股力量變得越來越強大，最終超出他們的掌控。
另一方面，巴夫克蘭人對伊甸之力的誤解與恐懼，讓他們對柯斯摩一行人展開不斷的攻擊，這場戰爭逐漸走向無法挽回的結局。最終，伊甸之力全面爆發，釋放出毀滅性的能量，導致所有登場角色全數死亡，整個宇宙陷入毀滅。
然而，在一切化為虛無後，各方的靈魂終於超越仇恨，被伊甸之力引導至新的星球，重獲新生。
