アインストの首魁、ヴァールシャイン・リヒカイトが倒れ、様々な世界が融合したエンドレス・フロンティア。融合した世界の一つ「波国」の闘士アレディ・ナアシュは、師のシンディ・バードから、突如として姿を消した羅刹機アルクオンの捜索と、妖精族の姫であるネージュ・ハウゼンを護衛し、エスピナ城へと送り届ける任務を命じられる。
同じ頃、ハーケン・ブロウニングを初めとするかつての冒険者達は、新たな世界の情勢の調査や自国の再建、世界各地で出現した黒いミルトカイル石への対策、そして前回のラストバトルを最後に行方不明になっている零児・小牟・KOS-MOSを探してそれぞれ別行動を取っていた。
旅を続ける中で、アレディ達とは異なる修羅の別勢力や、波国で修羅と戦争状態にあった国家アグラッドヘイム、Wナンバーの残党など、様々な勢力が各々の目的を持って世界を脅かそうとしていることが明らかになる。全く別の世界から転移してきた記憶喪失の二人組、アクセル・アルマーとアルフィミィを新たに仲間に加え、一行は再び世界の危機に立ち向かっていく。