故事發生在人與MS和平共處的國度、新托比亞。某天，邪惡MS軍團「暗黑亞古捷斯」手下「先鋒渣古」，率領渣古兵團，企圖入侵。一位名叫「阿修」的少年，無意中啟動沉睡的MS「隊長鋼彈」，更在他幫助下，打敗先鋒渣古軍團。 為對抗暗黑亞古捷斯入侵，「SD鋼彈戰隊」正式成立，後來更加上來自異空間，為解救故鄉危機，來到新托比亞的戰士「翼之騎士．零」及「炎之武者．爆熱丸」，成為夥伴。開始圍繞修仔及三位鋼彈戰士的歷險之旅……