2090年代，在與傑特拉帝人（ゼントラーディ）的戰爭結束80年之後，地球即將遭到新的外星人馬爾杜克（マルドゥーク）（Marduk）侵襲；地球統合軍依照以往的成功模式，採用「明美攻擊」試圖擊退對方，卻驚訝的發現馬爾杜克軍也是利用歌聲驅使戰鬥部隊，且威力更勝過「明美攻擊」，地球遭遇到前所未有的危機。 電視記者神崎響在戰鬥中冒險深入戰線報導，親眼目睹地球統和軍節節敗退，因緣際會闖入了敵艦並解救了一位昏迷的女性伊絲蒂。 戰爭依舊持續著，而伊絲蒂在神崎響的帶領下，漸漸的瞭解了地球的文化，響也由她的口中得知SDF-1馬克羅斯（マクロス）其實原是亞爾斯（アルス）用來傳播愛的船。 神崎響被軍方以知情不報和擅用軍方線路為由監禁。而面對馬爾杜克軍即將發動的總攻擊，部分有遠見的高層私下釋放了他，並希望他與女飛官蘇菲能重新啟動馬克羅斯；終於馬克羅斯升空並發射了主砲，但是並沒有擊沉敵旗艦。正當絕望之時，伊絲蒂趕到並站在當年林明美所站的平台上演唱もういちど LOVE YOU 『再一次‧愛你』，藉由所有通信線路的傳播，終於感化了馬爾杜克軍。 3年後，馬爾杜克軍與地球簽訂了和平條約，新的領導帶領著重新拾獲文化的同胞們即將啟程前往未知的宇宙彼端，臨行前伊絲蒂向神崎響及蘇菲道別，而這段割捨不下的三角戀情也深植在她的心中永藏心底……。
