2198年,地球接收了來自異星人行星「伊斯坎達爾」的「次元波動引擎」技術供應,並開啟了星際航行用宇宙戰艦「大和」號的建造計劃。
2199年1月,經科學家估計後得出,人類距離滅絶只剩下一年的時間。沖田十三提督所率的聯合國宇宙軍第一艦隊,在冥王星宙域開始了「メ號作戰」。這場戰鬥中,有一艘暗號代碼為「天照」(アマテラス)的宇宙船飛入太陽系。於火星等待「天照」的古代進與島大介,將墜落宇宙船中的座艙回收,並由撤退的宇宙戰艦 霧島號 收容回到地球。
回到地球,於「天照」計劃中回收的「波動核心」被裝進「大和」號,成為主要能源核心。古代等人均以遴選乘員身分受到召集。雖然他們估計受到召集是因為要啟動宇宙移民計畫「出雲計畫」(イズモ計画),但實際上發動的,卻是以前往異星人行星「伊斯坎達爾」接收汚染淨化系統 為目的的「大和計畫」(ヤマト計画)。
於地球拔錨的大和號,成功於太陽系內突破光速。帶著人類最後的一線希望,踏上了這場以一年為限的33萬6千光年的旅程,前往大麥哲倫銀河星球「伊斯坎達爾」。