在Zi行星有一群被稱為機獸的金屬生物體，有些擁有驚人戰鬥力，但牠們必需得到由特別發電機產生的紅色凝膠才可運作。該行星在古代曾經存在超高科技文明，卻發生了一場被稱為「眾神之怒」的大災難，當時有一部份人類逃到天空上，建立了天空之都。殘留在地上的人類失傳了那些超高科技，經過許多世代後，古代的事件和天空中的人變成了傳說，現在人們找到的機獸就是古代文明的遺物。
Zi行星上有一個叫迪加魯特的國家在十多年前與天空之都訂立條約，取得天空之都的科技生產機獸，開始變得強大，積極侵略其它地方。故事主角路吉住在美洛都村，村民從水中打撈出一隻機獸村雨長牙獅。不久迪加魯特的機獸前來襲擊該村，路吉成功操控村雨長牙獅去對抗襲擊者。雖然迪加魯特軍被擊退，可是村民依賴的樹狀發電機被破壞。為了村莊可以繼續存在，路吉與擁有機獸的勒金和蕾美離開村莊，到處找尋懂得修理發電機的技師。
路吉在尋找發電機技師的旅途上遇到歌特娜、加拉加等同伴，也目睹了更多迪加魯特的暴行。後來路吉明白即使找到懂得修理發電機的人，只要迪加魯特還存在，美洛都村就不會有安寧。路吉因此主張以打倒迪加魯特為首要目標，眾人由被迪加魯特奪去國土的前領主勒金領導，號召各地反迪加魯特志士加入他們，組成迪加魯特討伐軍，展開全面抗爭。
天空之都是為了取得紅色凝膠而跟迪加魯特交易，同時採取了一些措施防止迪加魯特對己方構成威脅，卻料不到他們派遣到迪加魯特的人竟然會背叛天空之都。